ความท้าทายหลักประการหนึ่งที่ต้องเผชิญกับการสกัดมีเทนไฮเดรตคือความเสียหายที่อาจเกิดขึ้นจากมีเทนที่ไม่ถูกจับ ก๊าซธรรมชาติเป็นหนึ่งในเชื้อเพลิงฟอสซิลที่สะอาดกว่า น้ำแข็งที่ติดไฟ โดยสร้าง CO2 น้อยกว่าถ่านหินถึง 50% เมื่อเผาไหม้ ซึ่งเป็นหนึ่งในปัจจัยที่นำไปสู่ความสำเร็จของก๊าซจากชั้นหิน อย่างไรก็ตาม มีเทนที่ไม่ถูกเผาไหม้จะสร้างความเสียหายมากกว่า CO2 อย่างมาก ดังนั้นจึงต้องดักจับก่อนที่จะมีโอกาสที่จะกลายเป็นความดันต่ำหรืออบอุ่น